1.前期调研阶段
　　中国海关从20世纪90年代初开始EDI应用的研究工作。主要是通过广泛地参加国际组织的各种研讨会和工作会议，对世界范围内的EDI应用现状和发展动态进行研究。开始是概貌了解，然后逐步深入，最后基本掌握了实施EDI应用的关键技术。比如通过参加世界海关组织（WCO）每年一次的IT工作会议，着重对美、英、澳、日等国家海关的EDI通关系统进行比较研究。20世纪90年代初，中国海关正值全力以赴地推广应用面向海关业务管理的报关自动化系统，而上述国家海关已先后进入EDI通关系统的开发和应用时期，这对我国海关是一个很大的启示，认识到海关IT应用的发展方向应是无纸化的EDI通关。
　　2.研制开发阶段
　　1992年9月海关总署办公会议做出决定，批准EDI通关系统工程正式立项，为此成立了由署领导亲自挂帅的EDI工程领导小组，并从全国海关抽调了30余名计算机与海关业务专家组成了工程组。工程组于1993年3月完成EDI通关系统所需14个EDIFACT标准报文子集的制订工作，7月完成系统总体技术方案设计，9月开始至1994年1月，只用5个多月的时间完成了用于普通货物通关的软件设计。随后于1994年11月完成了用于快递货物通关的软件设计。1995年1月完成了基于微机平台的普通货物通关软件设计。EDI通关系统按运行平台分，有基于ALPHA服务器和INTEL服务器两种；按适用范围分，有适用于普通货物（海陆空运）和快递货物（空运）两种；从EDI应用深度看，有仅限于货物进出口申报业务的，也有用于货物进出口申报、审单、放行业务的。
　　3.试点应用阶段
　　在海关总署的统一部署下，EDI通关系统的试点应用工作，于1994年4月首先在北京首都机场海关进行，9月起在上海浦东外高桥保税区海关进行。起初仅用于普通货物进出口的通关。随着快递货物EDI通关系统的开发成功，1994年底和1995年初又将该系统分别投入到上海虹桥机场海关和北京首都机场海关使用。
　　4.推广应用阶段
　　EDI通关系统在两个海关试点成功后，海关总署开始有计划地进行推广。到1997年底，已开通EDI通关业务的有北京、上海、广州、深圳、珠海、杭州、宁波、青岛、大连、厦门、福州、郑州等口岸的十余个海关。EDI通关企业已近500家，系统处理的普通货物进出口日报关单量约占全国总数的20%；系统处理的空运快递货物进出口占全国总数的80%以上。
　　5.向电子商务发展阶段
　　在许可证、进出口结付汇、出口退税报关单核销方面：海关总署于1998年8月组织开发了进出口报关单联网核查系统。该系统利用中国电信公共数据网，采用WWW服务器技术，具有身份论证，数字签名，数据密押，传输加密以及跟踪审计等一整套安全保密措施。系统已于当年9月开始逐步推广使用。首期投入应用的是国家外汇管理部门和银行对企业进出口结付汇报关单的核查业务。系统用户包括国家外汇管理局及各地方分支局、国内所有经营外汇售收业务的银行单位以及进出口企业。开通国家税务局对企业出口退税的报关单核查、外经贸许可证管理部门对企业进出口许可证报关单核查等业务。该系统是国内第一个在全国范围内推广应用并取得实际应用效果的电子商务应用系统。