报关工作的全部程序分为申报、查验、征税、放行、结关五个阶段。
（一）申报 进口货物的收货人、出口货物的发货人应当如实向海关申报，在货物进出口时，应在海关规定的期限内，按海关规定的格式填写进出口货物报关单，随附有关的货运、商业单据，同时提供批准货物进出口的证件，向海关申报。报关的主要单证有以下几种：
进口货物报关单。一般填写一式二份（有的海关要求报关单份数为三份）。报关单填报项目要准确、齐全、字迹清楚，不能用铅笔；报关单内各栏目，凡海关规定有统计代号的，以及税则号列及税率一项，由报关员用红笔填写；每份报关单限填报四项货物；如发现情况有无或其他情况需变更填报内容的，应主动、及时向海关递交更改单。出口货物报关单。一般填写一式两份（有的海关要求三份）。填单要求与进口货物报关单基本相同。如因填报有误或需变更填报内容而未主动、及时更改的，出口报关后发生退关情况，报关单位应在三天内向海关办理更正手续。随报关单交验的货运、商业单据。任何进出口货物通过海关，都必须在向海关递交以填好的报关单的同时，交验有关的货运和商业单据，接受海关审核诸种单证是否一致，并由海关审核后加盖印章，作为提取或发运货物的凭证。随报关单同时交验的货运和商业单据有：海运进口提货单；海运出口装货单（需报关单位盖章）；陆、空运运单；货物的发票（其份数比报关单少一份，需报关单位盖章等）；货物的装箱单（其份数与发票相等，需报关单位盖章）等。需要说明的是如海关认为必要，报关单位还应交验贸易合同、定货卡片、产地证明等。另外，按规定享受减、免税或免验的货物，应在向海关申请并已办妥手续后，随报关单交验有关证明文件。
进（出）口货物许可证。进出口货物许可证制度，是对进出口贸易进行管理的一种行政保护手段。我国与世界上大多数国家一样，也采用这一制度对进出口货物、物品实行全面管理。必须向海关交验进出口货物许可证的商品并不固定，而是由国家主管部门随时调整公布。凡按国家规定应申领进出口货物许可证的商品，报关时都必须交验由对外贸易管理部门签发的进出口货物许可证，并经海关查验合格无误后始能放行。但对外经济贸易合作部所属的进出口公司、经国务院批准经营进出口业务的个部位所属的工贸公司、个省（直辖市、自治区）所属的进出口公司，在批准的经营范围内进出口商品，视为以取得许可，免领进出口货物许可证，只凭报关单即可向海关申报；只有在经营进出口经营范围以外的商品时才需要交验许可证。
检验检疫制度：国家出入境检验检疫局与海关总署从2000年1月1日起实施新的检验检疫货物通关制度，通关模式为“先报验，后报关”。同时出入境检验检疫部门将启用新的印、证书。
新的检验检疫制度对原卫检局、动植物局、商检局进行“三检合一”，全面推行“一次报检、一次取样，一次检验检疫，一次卫生除害处理，一次收费，一次发证放行”的工作规程和“一口对外”的国际通用的新的检验检疫模式。而从 2000年1月1日起，对实施进出口检疫的货物启用“入境货物通关单”和“出境货物通关单”，并在通关单上加盖检验检疫专用章，对列入《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出口商品目录》范围内的进出口货物（包括转关运输货物），海关一律凭货物报关地出入境检验检疫局签发的“入境货物通关单”或“出境货物通关单”验放，取消原“商检、动植检、卫检”以放行单、证书及在报关单上加盖放行章通关的形式。
同时，正式启用出入境检验检疫证书，原来以“三检”名义对外签发的证书自2000年4月1日 起一律停止使用。同时，从2000年起对外签订合同、信用证时都要按新制度办事。海关要求报关单位出具“入境货物通关单”或“出境货物通关单”，一方面是监督法定检验商品是否已经接受法定的商检机构检验；另一方面是取得进出口商品征税、免税、减税的依据。根据《中华人民共和国进出口商品检验法》以及《商检机构实施检验的进出口商品种类表》规定，凡列入《种类表》的法定检验的进出口商品，均应在报关前向商品检验机构报验。报关时，对进出口商品，海关凭商检机构签发的“入境货物通关单”和“出境货物通关单”进口货物报关单上加盖的印章验收。除上述单证外，对国家规定的其他进出口管制货物，报关单位也必须向海关提交由国家主管部门签发的特定的进出口货物批准单证，由海关查验合格无误后再予以放行。诸如药品检验，文物出口签定，金银及其制品的管理，珍贵稀有野生动物的管理，进出口射击运动、狩猎用枪支弹药和民用爆破物品的管理，进出口音像制品的管理等均属此列。
（二）查验 进出口货物在通过申报环节后，即进入查验环节。
进出口货物除按照国家规定、国际惯例以及经海关总署特准的可以免验以外，均应当接受海关查验。查验是海关对进出口货物实施监管的一种具体行为。即通过对进出口货物进行实际的核查，确定单货、证货是否相符，有无瞒报、伪报和申报不实等走私违规行为，并为今后的征税、统计和后续管理提供可靠的监管依据。
1、海关查验的定义 查验是指海关依法为确定进出境货物的品名、规格、成份、原产地、货物状态、数量和价格是否与货物申报内容相符,对货物进行实际检查的行政执法行为。
2、海关查验的操作程序
2） 安排查验计划。由现场海关查验受理岗位安排查验的具体时间，一般当天安排第二天的查验计划。
3） 海关查验货物时，进口货物的收货人、出口货物的发货人或其授权报关员应当到场，并负责协助搬移货物，开拆和重封货物的包装。海关认为必要时，可以径行开验、复验或者提取货样。
4） 查验结束后，由陪同人员在《查验记录单》上签名、确认。
3、海关查验的方法
1） 彻底检查，即对货物逐件开箱（包）查验，对货物品种、规格、数量、重量、原产地货物状况等逐一与货物申报单详细核对。
2） 抽查，即按一定比例对货物有选择地开箱（包）查验。对集装箱抽查，必须卸货。卸货程度和开箱（包）比例以能够确定货物的品名、规格、数量、重量等查验指令的要求为准。
3） 外形查验，对货物的包装、标记唛头等进行验核。外形查验只能适用于对大型机器、大宗原材料等不易搬运、移动，但堆放整齐比较直观的货物。
4、海关查验的时间承诺查验部门自查验受理起，到实施查验结束、反馈查验结果最多不得超过48小时，出口货物应于查验完毕后半个工作日内予以放行。查验过程中，发现有涉嫌走私、违规等情事的，不受此时限限制。 （三）征税 征税是指海关根据国家的有关政策、法规对进出口货物征收关税及进口环节的税费（海关代征税）。
1．税则归类：税则归类就是将出口货物按照《海关进出口税则》的归类总规则归入适当的税则编号，以确定其适用的税率。
2．税率的运用：关税、进口环节税（增值税、消费税、船泊吨税）
（１）关税税率《海关进出口税则》中的关税进口税率有普通税率和优惠税率两栏。出口税率只有一种。根据《进出口关税条例》第六条规定，对原产于与中华人民共和国未订有关税互惠协议的国家或者地区的进口货物，按照普通税率征税，对原产于与中华人民共和国订有关税互惠协议的国家或地区的进口货物，按照优惠税率征税。对原产于对我国出口货物征收歧视性关税或者给予其他歧视性待遇的国家或者地区的进口货物，可以征收特别关税。 （２）进口环节税税率 目前，海关在进口环节代国家其他部门征收的进口环节税有增值税、消费税和船舶吨税。增值税率有两种，进口货物除粮食、食用植物油、自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、沼气、居民用煤炭制品、图书、报纸、杂志、饲料、化肥、农药、农机、农膜和国务院规定的其他货物的税率为１３％以外，其余的货物的税率均为１７％。出口货物税率为零。但是，国务院另有规定的除外。消费税按不同商品设置不同税目税率。我国目前仅限于对烟、酒等１１类消费品征收消费税，其中税率最低为３％，最高为４５％。船舶吨税是对进出我国港口的外国籍船舶征收的一种使用税。我国船舶吨税有一般吨税的优惠吨税两栏税率，其税率是以吨位数规定的定额税率，按船舶的净吨位大小进行计征。
3． 完税价格的审定完税价格是指海关按照《海关法》和《进出口关税条例》的有关规定，凭以计算应征关税的进出口货物的价格。进口货物以海关审定的成交价格为基础的到岸价格为完税价格。出口货物以海关审定的货物售予境外的离岸价格，扣除出口税后作为完税价格。离岸价格不能确定的，由海关估定。
4． 税费的计算
（１）关税 进口关税＝完税价格＊完税税率 出口关税＝完税价格＊出口税率
（２）增值税 进口增值税＝（关税完税价格＋关税税额＋消费税额）＊增值税率
（３）进口消费税 从价消费税额＝（关税价格＋关税）／（１－消费税税率）＊消费税率 从量消费税额＝应税消费品数量＊消费税单位税额完税价格计算到元为止，元以下四舍五入，税费额计算到分为止，分以下四舍五入。 税、费额的起征点均在人民币１０元。人民币１０元以下的免征。
5．原产地规则：
指的是确定进出口产品或制造国家（或地区）的标准与方法。进口产品的原产地或制造地将该产品适用哪种关税税率。
6．税费的缴纳：
（１）缴纳期限 对经海关审定应征关税、增值税、消费税和监管手续费、船舶吨税的货物或船舶。纳税义务人应当在海关填发税费款缴纳证的次日起七日内（星期六、星期日和法定节日除外），向指定银行缴纳税费款。
（２）汇率 进出口货物如果是外币计算成交的，由海关按照填发税款缴纳证之日国家外汇管理公布的《人民币外汇牌价表》未列入的外币，按照国家外汇管理部门确定的外汇率折合人民币。
（３）滞纳金 滞纳金额＝（关税额＋增值税、消费税应税额）＊滞纳天数＊１‰
（４）上海海关税费缴纳程序： 按照关税条例对进出口货物关税缴纳的有关规定，进出口货物的收发货人或者其代理人，应当在海关填发税款缴纳证的次日起7日内（法定节假日除外），向指定银行缴纳税款。
A、税款缴纳证的填发 税款缴纳证一式六联，由海关填发，一至五联经加盖“中华人民共和国x x海关单证专用章”后，交缴款单位送其开户银行将应缴税款划缴金库。第六联（存根联）由填发海关保存备查。
B、滞纳金的缴纳 纳税业务人如不能按海关规定的缴款期限缴纳税款的，应按日加收欠缴税款1%的滞纳金，滞纳金的起征点是人民币10元。
C、对外电话： 上海海关关税处综合科 63232410*6414、6415 7. 上海海关退税手续： 进出口货物的收发货人或者其代理人申请退税，应向原征税海关的征税部门提出申请，并交验下列单证：
1、《退税申请书》两份；
2、银行签章的原货物税款缴纳书；
3、其他必要的单证。
4、对外电话： 上海海关关税处综合科 63232410*6414、6470 8.关税的减免
（四）放行
放行是口岸海关监管现场作业的最后一个环节。口岸海关在接受进出口货物的申报后，经过审核报关单据、查验实际货物，并依法办理了征收货物税费手续或减免税手续后，在有关单据上签盖放行章，海关的监管行为结束，在这种情况下，放行即为结关。进出口货物可由收货人凭以提取、发运，出口货物可以由发货人装船、启运。
对于保税加工贸易进口货物，经海关批准减免税或缓纳税款的进口货物、暂时进出口货物、转关运输货物以及其他口岸海关未缴纳税款的进口货物，口岸海关接受申报以后，经审核单证，符合规定的，即可以放行转为后续管理。另外，进出口货物因各种原因需海关特殊处理的，可向海关申请担保放行。海关对担保的范围和方式均有明确的规定。
（五）结关
结关是指对经口岸放行后仍需继续实施管理的货物，海关在固定的期限内进行核查，对需要补证、补税货物作出处理直至完全结束海关监管的工作程序。
加工贸易进口货物的结关：是指海关在加工贸易合同规定的期限内对其进口、复出口及余料情况进行核对，并经经营单位申请办理了经批准内销部分的货物的补证、补税手续，对备案的加工贸易手册予以销案。
暂时进出口货物的结关：是指在海关规定的期限内（含经批准延期的）暂时进口货物复运出口或者暂时出口货物复运进口，并办理了有关纳税销案手续，完全结束海关监管的工作程序。
特定减免税货物的结关：是指有关进口货物到达海关监管年限并向海关提出解除监管申请，领取了经主管海关核发的《海关对减免税进出口湖物接触监管证明》，完全结束海关监管的工作程序。
