1、进口关税的减税及免税
(1)货物发生变质或损伤(Damage Cargo)
a、进口申报前发生变质、损伤的货物，在进行申报时应考虑酌减关税。
b、进口申报后至获得进口许可前，货物因所在地发生火灾、水灾等不可抗拒事件，导致变质或损伤的，可减征关税。此时，进口商须在进口许可下达前向货物所在地海关关长提交2份《损伤、变质减税明细书》，记载货物编号、品名、数量、变质损伤原因及程度、计划减税金额及其计算根据等。
(2)非变质、损伤货物(Sound Cargo)
日本政府从国家政治、经济、社会等政策出发，对一些商品规定了临时或长期的减免税政策。如，对于有利于国内设备现代化的某些机械类产品，有临时规定的减免税或退税政策。
(3)关税减免手续
申请减免税时，须在进口申报书上注明减免税有关事项，在申报时提出减免税要求。
2、进口关税的退税
获得进口许可并已缴纳进口关税的货物，在获得许可后继续保存在保税区或其它规定地点时，因灾害等不可抗力原因而导致变质、损伤，按规定可退还全部或部分所缴关税。灾害结束后，进口商须立即向所在地海关提交《受灾货物报告书》，海关关长予以确认并发给确认书。灾害结束后3个月内，进口商可凭上述确认书向货物所在地管辖海关关长办理受灾货物关税返还申请。
3、国内消费税的征收与免税
日本规定进口酒类、糖类、挥发油、石油气等商品时，在缴纳进口关税的同时，还须缴纳国内消费税，这类商品的国内消费税手续一般与关税一起办理，不必单独提出消费税的申报书。因各种原因免征进口关税的货物，其国内消费税也相应免除。